Sejarah keberadaan Pengadilan Agama Makassar tidak diawali dengan Peraturan Pemerintah (PP. No. 45 Tahun 1957), akan tetapi sejak zaman dahulu, sejak zaman kerajaan atau sejak zaman Penjajahan Belanda, namun pada waktu itu bukanlah seperti sekarang ini adanya. Dahulu Kewenangan Seorang Raja untuk mengankat seorang pengadil disebut sebagai Hakim, akan tetapi setelah masuknya Syariah islam, Maka Raja kembali mengangkat seorang Qadhi.
Kewenangan Hakim diminimalisir dan diserahkan kepada Qadhi atau hal-hal yang menyangkut perkara Syariah agama Islam. Wewenang Qadhi ketika itu termasuk Cakkara atau Pembagian harta gono-gini karena cakkara berkaitan dengan perkara nikah.
Pada zaman penjajahan Belanda, sudah terbagi yuridiksi Qadhi, yakni Makassar, Gowa dan lain-lain. Qadhi Pertama di Makassar adalah Maknun Dg. Manranoka, bertempat tinggal dikampung laras, Qadhi lain yang dikenal ialah K.H. Abd. Haq dan Ince Moh. Sholeh, dan Ince Moh.  Sholeh adalah Qadhi terakhir, jabatan Ince Moh. Sholeh disebut Acting Qadhi. Qadhi dahulu berwenang dan berhak mengangkat sendiri para pembantu-pembantunya guna menunjang kelancaran  pelaksanaan fungsi dan tugasnya, dan pada zaman pemerintahan Belanda saat itu dipimpin oleh Hamente.
Pengadilan Agama/ Mahkamah Syariah Makassar terbentuk pada tahun 1960, yang meliputi wilayah Maros, Takalar dan Gowa, karena pada waktu itu belum ada dan belum dibentuk di ketiga daerah tersebut, jadi masih disatukan dengan wilayah Makassar.
Sebelum terbentuknya Mahkamah Syariah yang kemudian berkembang menjadi Pengadilan Agama/ Mahkamah Syariah, maka dahulu yang mengerjakan kewenangan Pengadilan Agama adalah Qadhi yang pada saat itu berkantor dirumah tinggalnya sendiri. Pada masa itu ada dua kerajaan yang berkuasa di Makassar yaitu kerajaan Gowa dan Kerajaan Tallo dan dahulu Qadhi diberi gelar Daengta Syeh kemudian gelar itu berganti menjadi Daengta Kalia.

Setelah keluarnya PP. No. 45 Tahun 1957, maka pada tahun 1960 terbentuklah Pengadilan Agama Makassar yang waktu itu disebut “Pengadilan Mahkamah Syariah” adapun wilayah Yurisdiksinya dan keadaan gedungnya seperti diuraikan pada penjelasan berikut:
Wilayah Yurisdiksi
Wilayah Yurisdiksi Pengadilan Agama / Mahkamah Syariah Kota Makassar mempunyai batas-batas seperti berikut:
–  Sebelah Barat berbatasan dengan selat Makassar;
–  Sebelah Utara berbatasan dengan Kabupaten Maros;
–  Sebelah Timur berbatasan dengan Kabupaten Bone;
–  Sebelah Selatan berbatasan dengan Kabupaten Gowa.